作为卧底，自然都是“身在曹营心在汉”，但人非草木，呆在曹营时间长了，不免也要对它产生几分感情。陈永仁百密一疏，差点露出马脚，是黑帮的小兄弟替他隐瞒，保住了他的性命。黑帮里有许多与他生死与共的兄弟，而他自己的工作却是在背地里出卖他们，同样，在警队卧底的刘建明也要遭受这种煎熬。作为卧底，这种理智与情感的冲突不啻是一个灵魂的漩涡，只要你是卧底，就永远无法逃脱这个漩涡。他们不能有正常的感情生活，也没有，陈永仁的女友嫁作他人妇，而刘建明的妻子最终也弃他而去。双重身份的挤压，人格分裂的痛苦，陈永仁和刘建明只有默默的忍受，掩盖起真实的自我，像吸血鬼一样躲避着阳光，在夹缝中才能生存下来。在陈、刘二人音响店相遇的一场戏里，他们俩惺惺相惜，静静的并肩而坐，并不言语，蔡琴的怀旧歌声响起，时光在这一瞬间仿佛也凝固了，小小的音响店几乎成了他们的灵魂避难所，只有在这里，他们才能到彻底的放松，享受片刻的宁静，镜头缓慢的从二人面前摇过，演员表演和导演调度的分寸都拿捏得十分到位，有效的传达出了两位主人公的内心世界。
幸福的人总是相似的，而不幸的人各有各的不幸。陈永仁是个好警察，虽身在黑帮，但他从未放弃过自己的信念，是靠着“做个好警察”这样的信念支撑，他才能一年又一年的熬过这暗无天日的卧底生活，他用不着去背叛什么，只需艰难的做好自己的份内事，掩饰好自己的身份就行，他是个传统的英雄人物，有了他的贡献付出，警队才能更有效地打击不法分子；而刘建明则不同，照理说，他是个坏蛋，是打入我方内部的敌方分子，应当不值得同情，而刘的悲剧又在于他是个有良心的“敌方分子”，在多年的耳闻目睹下，他已经“沾染”了太多的正义“习气”，他已经厌恶了自己的黑帮身份，背叛了他原有的信念，他想弃暗投明，而他的一切又都是黑帮所给予的，他毕竟是黑帮的骨干，凭他的所作所为，即使摆脱了黑帮，警队也容不下他。陈永仁虽然痛苦，但终究还是有重见阳光的那一天，起码说有这种希望；而刘建明却只能独自一人在边缘苦苦挣扎，不知道尽头在哪里，不知道究竟该走到哪一方，回黑帮他受不了，投奔警队却又容不下他。影片中有一个巧妙的闪回情节：时光交错，在警校里，成为卧底的少年陈永仁被教官假意开除了，一干学员们都目送他背着包离去，而此时的队伍里站着的却是成年的刘建明，望着陈永仁远去的背影，刘建明内心不禁发出了一声感慨：“我想跟他换！”??这就是刘建明内心痛苦的最真实写照。刘建明和陈永仁都是“双面人”，他们都背负着常人难以承受的苦痛，如果要一个普通人去选择的话，恐怕陈、刘二人谁的生活他也不会选，但在刘建明眼里，陈永仁却是那样的值得羡慕，即使是最后付出生命，刘建明也不在乎。是的，陈永仁是死了，但他死时终究盖上了国旗，他生前的忍辱负重最终为他赢得了应有的荣誉。
电梯门一开一合，夹着陈永仁的尸体，地上的血迹慢慢散开，望着四周黑洞洞的枪口，刘建明明白，一切都结束了。是的，结束了，两个主人公终于逃脱了这噩梦般的无间地狱，虽然这方式未免有些悲壮。（《无间道》在香港和内地上映时结局有两个不同的版本，此处以内地版本为准。）
佛说：我不入地狱，谁入地狱？陈永仁和刘建明不是佛，他们只是人，普普通通的人，一个是白道的精英，一个是黑道的翘楚,一个想做回真警察的假黑帮，一个不想做真黑帮的假警察。他们太优秀，优秀到还在少年时几乎就注定了他们一生的悲剧。当他们选择去做卧底时，他们还只是孩子，与其说他们选择了这个职业，毋宁说是这个职业选择了他们。他们没有自己的生活，而只有这个职业的生活，从选择这个职业开始，一切都已经注定了，他们所做的，只能是随着命运的巨大转轮不停旋转。所以当黑帮老大韩琛对着一帮刚刚加入黑帮的孩子大喊“一将成名万骨枯”时，一股可怕的力量向观众袭来，可怕的并不是韩琛的暴力和血腥，而是他就这样轻而易举的改变了几个孩子的命运，在他面前，这些孩子们只是被玩弄于股掌的玩具而已，从这一刻开始，孩子们一生的悲剧就已注定了。
卧底恐怕是世界上最见不得光的职业了，做卧底就意味着你只能是个“双面人”，时时刻刻要提心吊胆，只能做些偷偷摸摸的勾当。像陈永仁，除了他的顶头上司，没有人知道他的真实身份，几乎所有人都当他是恶棍，他所有的档案资料都只掌握在上司一个人手里，对他而言，他几乎没有自己的真实生活，他只能以另一个人的面目出现在世上，而把真实的自己隐藏起来。作为卧底，他差不多是一个已经消失了的人，没有自己的身份，没有自己的姓名，甚至连生日也不能有，在大厦天台上，当上司把一块手表当作生日礼物送给陈永仁时，我们分明能看到陈永仁眼中那闪过的感动与悲凄，也许在这刹那间，他才会感觉到自己的真实存在，感觉到与那个真实的自我统一。陈永仁干得很成功，但这成功却是错位的，当“兵”的做了个好“贼”，越成功就意味着他陷得越深，越成功就意味着他离真实的自己越来越远。他并不缺少财富金钱，但财富金钱买不来快乐，对陈永仁而言，他只能戴着面具生活，他所取得的一切成就都不属于自己。当他摘下面具，这些在黑帮中取得的所谓的“成就”只能让他倍感煎熬，唯愿唾弃。
刘建明，他已经一心只想做个好警察，不愿再回到过去，而他的黑帮背景又让他欲罢不能。在黑帮的暗中支持下，刘建明破获了一个又一个案件，取得了一次又一次成功，俨然一颗在警界中冉冉上升的新星。在公众面前，刘建明是个不折不扣的犯罪克星、执法先锋。当然，这一切也为他赢得了相当的荣誉、社会地位，还有他人的尊敬。起初的刘建明，是摆得清自己的位置的，他知道这些面具的存在只是为了让自己做一个更“好”的贼，他源源不断的情报供给，会使他身后的黑帮组织日渐强大，黑帮强大了，他的面具也就会更加光鲜夺目。但随着时间的流逝，刘建明变了，长久的警界生活已使得他的良心渐渐苏醒，当刘建明再一次审视自己时，突然发现自己已不能容忍那些丑恶。而对刘来说，黑帮是他的靠山和基础，没有黑帮，也就没有今天的刘建明，割断同黑帮的联系，无异于自杀。也许刘建明能够放弃金钱和地位，但他所不能放弃的，是爱情和家庭，是他在这样虚伪的生活中所建立起来的那一份真实的感情。影片中有一个情节：当刘的妻子知道真相后，她并没有提起什么，而只是淡淡的说，自己的小说写不下去了。刘建明没有意识到什么，但观众明白，真正写不下去的，是她和刘建明的那份感情，那份交织在真实和虚伪中的感情。一个“双面人”，一个连自己都不能统一的人，即使暂时拥有了一份属于自己的真实情感，最终的结局，也只能是失去它。
陈永仁和刘建明，一个想成为真实的自己，一个想与过去的自己告别，对他们而言，最大的痛苦莫过于无法成为一个统一的人。而对影院的观众而言，虽然自己并不一定是成功人士，但总归能过自己的生活，穷也罢，富也罢，就算物质上欠缺点，起码在精神上没有那么痛苦，而银幕上那些表面看起来光鲜照人的角色比起来，不免让人产生极大的安慰感。