努尔哈赤的父母被李成梁所杀，努尔哈赤和他的弟弟被李成梁俘虏，李成梁的妻子看努尔哈赤仪表不凡，所以将他放走了。
努尔哈赤在回家途中，召集了祖父和父亲留下的十三副铠甲，凭借这这部分兵马，努尔哈赤不断征服家乡周围的女真部落，并建立了自己的第一支部队，将它命名为黑旗。随后，在不断的征战中，他又收服了邻近的一大批部落，兵马也不断扩充、壮大，作战能力也大大增强，为了便于统治和管理，于是又组成了红旗。
建立红旗后，因为红旗的作战能力要强于最初的黑旗，所以努尔哈赤将黑旗交给了自己的弟弟舒尔哈齐，自己统帅新建的红旗
后来，就是我们前面讲到的与海西女真之间的战争，努尔哈赤最终征服了海西女真，诸如林丹汗的妃子等都率部归顺了努尔哈赤。因为他们兵马众多，作战能力也十分强大，可以组建为新的一旗，所以又将这部分兵马组建为了白旗，并把白旗交给自己的长子褚英统领。这就是最初三旗的来源。
在后来的权力斗争中，舒尔哈齐被幽禁致死，褚英因性格暴戾被杀，黑旗和白旗都被一分为三。黑旗分为正红、镶红、镶蓝三旗，正红旗由努尔哈赤的次子代善统领，拥有25个牛录，镶红旗由代善的长子岳托统领，拥有26个牛录，剩下的镶蓝旗由舒尔哈齐的儿子阿敏统领。白旗分为正白、镶白和正蓝旗。旗主依次分别为：董鄂和合理、褚英长子和莽古尔泰。与此同时，努尔哈赤自己统帅的黄旗也被他一分为二，变成了正黄和镶黄旗两旗。自此，八旗制度正式建立。
八旗最初源于满人的狩猎组织，是清代旗人的社会生活军事组织形式，也是清代的根本制度。八旗制度的建立和完善经过了以下几个阶段：
1.明万历二十九年（1601年），努尔哈赤整顿编制，分别以牛录额真、甲喇额真、固山额真为首领。初置黄、白、红、蓝4色旗，编成四旗。万历四十三年（1615年）增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝4旗，八旗之制确立。满洲（女真）社会实行八旗制度，丁壮战时皆兵，平时皆民，使其军队具有极强的战斗力。
2.努尔哈赤于天命年间始设蒙古旗，至皇太极天聪九年（1635年）编成蒙古八旗。皇太极于天聪五年（1631年）先编一汉军旗，至崇德七年（1642年）完成汉军八旗的编制。合称八旗，统率八旗满洲、八旗蒙古、八旗汉军，至此八旗的制度臻于完善。
3.入关前，八旗中的正黄、镶黄两旗由汗王（皇帝）直接统领，其它6旗分别由汗王的子侄统领。顺治八年（1651年）多尔衮死，顺治帝亲政，收多尔衮所辖的正白旗归皇帝统领，于是形成了上三旗与下五旗。
刚开始产生只是生产关系需要而已，后期就是为了军权和分化。
八旗最初源于满人的狩猎组织，是清代旗人的社会生活军事组织形式，也是清代的根本制度。八旗制度的建立和完善经过了以下几个阶段：
1.明万历二十九年（1601年），努尔哈赤整顿编制，分别以牛录额真、甲喇额真、固山额真为首领。初置黄、白、红、蓝4色旗，编成四旗。万历四十三年（1615年）增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝4旗，八旗之制确立。满洲（女真）社会实行八旗制度，丁壮战时皆兵，平时皆民，使其军队具有极强的战斗力。
2.努尔哈赤于天命年间始设蒙古旗，至皇太极天聪九年（1635年）编成蒙古八旗。皇太极于天聪五年（1631年）先编一汉军旗，至崇德七年（1642年）完成汉军八旗的编制。合称八旗，统率八旗满洲、八旗蒙古、八旗汉军，至此八旗的制度臻于完善。
3.入关前，八旗中的正黄、镶黄两旗由汗王（皇帝）直接统领，其它6旗分别由汗王的子侄统领。顺治八年（1651年）多尔衮死，顺治帝亲政，收多尔衮所辖的正白旗归皇帝统领，于是形成了上三旗与下五旗。
刚开始产生只是生产关系需要而已，后期就是为了军权和分化。