军医分配有两种去向，部队和部队医院，我猜题主所表述的医院肯定是指部队医院，因为军医不可能分配到地方医院。毫无疑问去医院更好，接下来我从各个方面给你分析一下：
首先，从医术进步的角度来看，去医院远远好于部队。去了医院你才是一个真正的医生，像地方医院的医生一样，你可以接触很多很多的病人，有很好的医疗条件，积累几年经验以后，你就是一个医术高超、富有经验、甚至可以独挡一面的医生了。
而假如去了部队，如果你幸运一点，会被分到专门的卫生队，在这儿你的训练会比连队稍微轻松一些，能看的病例相对来说多一些，但与医院相比，还是差远了。假如没有分到卫生队，你就只能到基层连队了，如果到了基层连队，你就不要再说自己是一个军医了，几乎没有什么病需要你看。最常看的病是感冒、拉肚子和擦伤，而且仅限于看没有发烧的感冒，轻微的擦伤以及不严重的拉肚子，稍微严重一点的就去卫生队治疗了。
同样是五年的时间，去了医院的会成为医术高超的医生，而去了部队的五年后发现自己还是只会看不严重的感冒擦伤拉肚子，没有任何改变。
其次，从职业发展前景来看，去医院的话，你的职业成长很清晰，而到了部队，你的职业前景会略显尴尬。
医院是一个治病为主的地方，你的专业在这儿正好如鱼得水，有一个非常清晰的职业发展前景。而部队的主责是打仗，军医是一个从属的角色，尤其是长期和平的大背景下，这种从属性质就更显尴尬，你会有一种英雄无用武之地的感慨，军医的成长渠道只有熬资历一种方式，而且大多时候会处在这个舞台的边缘。
最后，从工作待遇以及工作性质自由度来看，去医院要好于部队。从工作待遇上看，医院的军医也是军人，他们参照军人的工资标准执行，此外他们还有一份医院的补助收入，因此收入会高于去部队。
从工作性质及自由度来看，医院工作是正常的上下班制度，你下了班就是自己的时间了，可以回家，可以回单身公寓，休息日的时候想去干啥就去干啥，不需要请假。
去了部队的话，训练及纪律都是比较严格的。休息日是不一定会有的，有可能会加班，不需要征求你的意见；如果没有加班，随便外出也是不可能的，请假可以外出，但要有一定比例。在部队，没有上下班这个说法，晚上睡觉的时候也有可能要紧急集合。此外再告诉你一点，有不少部队，对军医的训练是按照同等标准来对待的，不会因为你是军医，就放松了训练要求，所有军事基本科目是必须要达标的，不达标你就会拖连队后腿，然后大家都瞧不起你。
就说这么多吧，希望楼主会有正确的选择。据我所知，大多数军医应该是要分到部队的，去医院的是少数，如果有去医院的机会，建议楼主还是不要轻易错过。
当然医院了