动漫中的很多武器设计灵感来源于现实生活，所以我觉得只有摆脱刀枪剑戟等常规形态的武器，或摆脱常规用法，让人觉“居然还能这样玩”的武器，才算得上是与众不同的武器。
那种，看似XX实际是其他东西的武器，其实一点不算新鲜，毕竟早在像007这样的间谍电影中就有类似的武器。
当我看到这个问题，想到《东京喰种》的赫子，官方设定赫子是喰种自带的武器和捕食工具，现实中不仅不可能存在，而且连形态也都是完全摆脱现实中武器的常有形态，就算是不同喰种的赫子，也都是独一无二、与众不同的。
（金木小天使镇楼）
赫子是喰种血液中的Rc细胞形成的，分有羽赫（董香酱）、甲赫（月见）、鳞赫（金木）和尾赫这几种。而且赫子还无比坚硬，普通刀枪是伤不了赫子的，CCG的喰种搜查官使用的准们对付喰种的武器“库因克”，都是要用喰种的赫包制成的。（所以...第一把库因克怎么来的呢？）
同样用血液做武器的，还有《血界战线》。讲述一个眯眯眼少年，误入异界，加入一个叫莱布拉的非法组织后，展开的受伤日常故事（误）。莱布拉这个秘密结社里的大部分人，都有血为媒介的格斗术，什么斗流血法，流血格斗术，听着就觉得血槽已空。最重要的是，每次使用技能，都要大声吼出技能名字！可以说即中二又帅气！骨头社出品的漫改动画版，剧情紧凑又不失幽默，打斗画面精良（我经常倒回去看几遍才过瘾），同样强推的一部动漫。
《海贼王》中，娜美的天候棒，也算是一个脑洞大开的武器，原理好像很合理，总觉得说不定真的能实现（为尾田大神的脑洞打call）。海贼王的多场战斗中，比起路飞他们强大体术对决，我更喜欢看娜美用智商取胜的对决。尤其在和cp9卡莉法的那场对战中，娜美临场想到利用房间的环境，制造海市蜃楼，真的很帅！！
不过两年后，感觉娜美和天候棒被削弱了，变成一个普通打小喽啰的aoe武器，单体输出略低，有点失望。
最后要说的是 夏目那本记满怪物真名的小本本。
夏目虽然天生自带强大灵力，但是攻击力应该不算高，大家忌惮的可能是喵老师和友人帐里和夏目关系好的强大怪物吧。如果夏目在mmorpg游戏里，感觉更像召唤师。作为一个召唤师，那说友人帐是他的武器也就不为过了。
同样以书为武器的还有《文豪野犬》中的国木田独步，更准确应该说，他是有把小本本的纸实体化成任意不大于纸张的武器的能力。《文豪野犬》讲的是与作家同名的异能人士的战斗、日常故事。毕竟有异能《文豪野犬》里少有真正意义的武器，不过这部动漫设定十分有趣，而且战斗画面精良，推荐。
题主，动漫中武器本就比较夸张，到不管哪种武器，不论是身体武器，冷兵器，热兵器，还是机甲，看到一次后都可以见怪不怪，因为实在太多，就个人而言，没有谁能下定论。非要说是什么，比较倾向于东京喰种里化龙的金木研。
所以，就武器而言，实体形态的可以说每个人的观点都不同。一千个读者就有一千个哈姆莱特。
但是，有一种武器每次都不同，每次都让人吃惊，甚至夸张，往往我们看到后会大呼精彩，或吃惊，或不可思议，或紧张，还经常见到。这种武器就是(大脑)！
脑袋里的思想可以说最夸张，最独特。不受外形的限制。它可以是阴谋，可以是阳谋，可以是其他意想不到的，可以是救人的天使，也可以是害人的武器！
就动漫而言，这类作品中杰出的有《死亡笔记》
死亡笔记就形态上而言，看似笔记本是武器，实际上再博弈的都是思维战争，笔记本只是媒介。