阿巴亥死于皇位之争。努尔哈赤死后第二天，在皇太极等诸贝勒胁迫下，她为汗夫生殉。在清代官书中，阿巴亥的入葬过程，仅有此寥寥几笔：“……诸王以帝遗言告后，后支吾不从。诸王曰（略），于是，后于十二日辛亥辰时自尽，寿三十七。乃与帝同柩。”
阿巴亥生育了十二子阿济格、十四子多尔衮和十五子多铎三个儿子，在努尔哈赤的16个儿子中（8个被封贝勒）占有继位优势，是一心要继承汗位的皇太极最大的拦路就。尤为可怕的是，努尔哈赤生前并没有留下由谁来继承汗位的遗言，而努尔哈赤死前四天里，身边只有大妃阿巴亥奉命服侍。那几天，努尔哈赤针对汗位的问题究竟说了些什么，只有阿巴亥才知道，也正是如此，无论阿巴亥说什么，都具有很高的可信度。如果皇太极不将阿巴亥铲除，她就可以假托遗命，如何如何。所以，阿巴亥必须死，只有死人不再乱说话。阿巴亥被迫与皇太极等人达成了最后的“殉夫”条件：皇太极将善待多尔衮等阿巴亥几个年幼的孩子；阿巴亥将在沉默中自愿去死。阿巴亥具体是怎么个“死”法？有两个版本：一是皇太极等众贝勅跪谢后在宫门外等候，阿巴亥自己悬梁自尽；另一个是阿巴亥哭闹不愿自我了断，二贝勒代善就亲自上前用弓弦“帮助”将其勒死。
女真人对生殉有着严格的要求。被生殉的人，第一点必须是死者的妾室，正室在非自愿的情况下不得生殉；第二点要求生殉者没有未成年的幼子。对于阿巴亥来说，多尔衮和多铎尚属幼子，不符合生殉的条件，而且自己大妃的地位身份又在后官中最为尊贵，生殉之事无论如何也轮不到她的头上。因此，皇太极等人便伪造了大祖遗诏，逼迫阿巴亥生殉，除去了自己继承汗位上的一大隐患。
就是被皇太极逼死的，阿巴亥如若不死皇太极得不到皇位。皇太极逼死了多尔衮额娘，多尔衮睡了皇嫂！历史就是这样！