谢邀，这个问题我深有体会啊！
首先我表明我的态度，大部分常见病选哪种医院都可以，如果是你基础疾病太多还是建议去综合医院吧。
以骨科为例，简单的骨折，骨病，脊柱相关疾病，无论是综合医院和专科医院都能给你满意的治疗，或者治疗效果差不多，但是老百姓对专科医院比较认，骨折了麽，不就应该去骨科医院麽，其实不然，普通的骨折等等疾病无论综合或者专科医院的治疗都差不多少，只不过专科医院往往会采取一些措施，比如我们当地的骨科医院就跟120合作，有患者120是不给我们这种医院送的，直接拉到专科医院了，久而久之老百姓就形成惯性思维。
如果是基础疾病太多那么综合医院的优势就显现出来了，还是以骨科为例，一个80岁的老年人摔伤股骨颈骨折需要换人工关节，但是这个患者有高血压，心脏病，糖尿病等等内科基础常见疾病，这样的患者你去专科医院也不会收留你的，因为他们没有综合科室辅助手术！没有心内科，内分泌科怎么治疗高血压心脏病和糖尿病，就算血压血糖自己会调理，但是一旦出现心脑血管意外呢？他们是万万处理不了的，所以就必须去综合性医院治疗了。
但是有些疾病是必须去专科医院治疗的，比如传染病，肺结核，精神分裂等等，这些公立综合医院是无法接收的。至于某些疑难杂症，就不是选综合还是专科了，你就看全国哪些医院曾经治疗过这种疾病就，哪个地方有经验就去哪看吧。
都不好，中医最好