王重阳逝世以后，周伯通遵循他的遗命，将《九阴真经》上下册分开藏匿，但却在途中遇到了早已有心等候的黄药师冯衡夫妇。结果周伯通被用计所骗，借冯衡观阅了一遍《九阴真经》下册，冯衡凭借过人天赋，强记经文，周伯通不明真相一怒之下，毁了《九阴真经》下册，并追至桃花岛。之后冯衡凭借惊人的记忆力默写下《九阴真经》下册，录成副本，终因心力焦悴去世，黄药师迁怒于别人，打伤周伯通，囚困于桃花岛，并借机想套取《九阴真经》全册内容。
周伯通在桃花岛被黄药师困了十五年。小说中已经说明，刚开始他确实是打不过黄老邪，被打到重伤呕血，逃到与郭靖相遇的洞里，还被黄药师追来打断了两条腿，后来他把经书藏在洞里，但黄药师却没有杀他，也没有强行抢他身上的《九阴真经》，黄药师则放言必定有办法引他离开洞口，周伯通又好打赌，两个人一个在洞内一个在洞外，彼此考验心性，僵持了十五年，而且黄药师还为周伯通送吃送喝。黄药师其实也保护了周伯通十五年，为他摈除了不少江湖纷扰。
在被困的15年里，周伯通一直在钻研武功，不仅学习了《九阴真经》上的武功，还自创了七十二路“空明拳”，自己和自己打架而创了左右手互搏，武功早是大有精进。而那一句周伯通对郭靖说的：“我当年天天净想着，怎么跟黄老邪打架了”。表明了周伯通对武功的痴迷。
还有一个原因就是周伯通故意不想离开桃花岛，是为了躲避一灯大师和瑛姑。因为瑛姑对周伯通情深意重还为他生了孩子，之后孩子被人杀害，周伯通无法面对瑛姑，更为自己的孩子难过，同的也不好意思面对段皇爷，索性就呆在桃花岛了。所以才会有瑛姑穷其一生精力，研究五行八卦，就为了能入桃花岛找周伯通为他们的孩子报仇。
黄药师精通五行八卦和奇门遁甲，整个桃花岛机关重重，不知道破解之人，无论怎么走，根本出不去，周伯通虽然武学天份很高，但五行八卦却不是他的所长，所以他不想白费力气。毕竟周伯通不是欧阳锋，欧阳锋也曾被困桃花阵中，而欧阳锋选择直接将所有桃花树用掌击倒，桃花阵也就失去了意义。
他想远离是非，远离恩怨，不想记起以前的伤心事