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先说答案：岳灵珊更厉害一些。
分析如下：
1、首先说明一点，这两个人的武功都不算多么高明。岳灵珊是笑傲江湖里的人物，是令狐冲的前女友。孙仲君是碧血剑中的人物，是归辛树的弟子。从年代上看，岳灵珊早于孙仲君，岳灵珊时代，风轻扬还活着。而碧血剑时期，风清扬已经死去，成了书中华山派的创派祖师。
2、孙仲君的师傅归辛树，是书中的绝顶高手。他生性沉默木讷，内力深厚。但他的性格使他授徒时存在劣势，许多的武功要旨讲不明白，所以他的徒弟出色的并不多，顶多就是江湖一流高手而已。但考虑到后代的整体武功水平不如前代，所以，那时的一流高手，其实水平也一般。
3、孙仲君外号飞天魔女，为人不讲道理滥杀无辜，她的武功不如师哥梅剑和，而梅剑和的武功离袁承志都差距十万八千里，袁承志一招就可以断其剑制服他，可见，孙仲君根本无法和那些绝顶高手走上一招半式。其水平普通的很。后来被穆人清惩罚，断一指，并不再用剑，武功更打折扣。
4、岳灵珊在笑傲江湖中也是武功一般的女子。但她后期学了石壁上的剑法，各门派的武功精要都熟悉。而这些武功，是五岳门派都失传的高明剑法。她以这些武功对敌，曾侥幸赢下莫大先生和令狐冲，在左冷禅手下走了几十招，武功大是不俗。而孙仲君属于后世之人，应该更不会这些剑法。
5、综上分析，我觉得岳灵珊应该比孙仲君厉害一些。但这是不同年代的对比，并没有实际证据，仅仅娱乐而已。
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