这个问题基本上来说是有两个大前提。一是昊天上帝要三清仙首十二称臣。二是阐教十二金仙犯了杀劫。
要仙首十二称臣，应该并非是指阐教的十二金仙。而所谓仙首，应该是指三教除教主之外的修为最高的十二位仙人。因为昊天上帝不可能要尽阐教的主力仙人十二金仙，何况十二金仙的综合修为并不太高，也不太符合昊天上帝要人就应该尽量要能人这一正常心理要求。因此，昊天上帝的这一旨意如果是要完全正常执行的话，那以修为高低论，截教中的一流弟子中就会有很多位仙人符合十二仙首的条件，而阐教符合条件的可能就二三位。但这种情形是通天教主不可能接受的。所以，鸿钧老祖在遵守昊天旨意的同时也可能和昊天进行了沟通，将昊天上帝要的仙首十二改为了365位正神，并利用武王伐纣战争让各门人在参与争夺中优胜劣汰。这样一来虽然最终被封神之人的修为不会绝对高，但人数却多了很多倍，而且人多也就意为着奇异本领者也多，更能分掌天庭众多需求的职能。因而昊天上帝也就会同意了！
再者，阐教在人数及修为水平上均大弱于截教，如果要通天教主来主持封神，那对阐教来说是很不公平的，截教会依仗自身的强大团灭阐教弟子，那元始天尊是绝不会答应的。因此鸿钧老祖平衡了一下，让总体弱的一方主持封神，反正阐教十二金仙犯了杀劫需要主动下山杀仙渡劫，因而让元始天尊主持封神，这样修为不算太高的十二金仙就会在原始天尊的主持下团结灭杀强手，这更符合昊天上帝的选神要求，也对整个封神事业更具积极性。
那通天教主之所以也会同意，他可能是这样认为的: 昊天上帝要我的多位一流弟子是不行的，但我截教门人下仙太多，我就给你几百位下仙也不打紧，只要能保住多位一流弟子就好。至于让原始主持封神，看在老师的面上我就表面上公平而让着你，反正是你的修为不太高的十二金仙犯了杀劫，需要下山杀仙应劫，被反杀而封神的风险会很大，基本上会有大部份弟子上榜。而我的多位一流弟子只要不下山，你就拿我一流弟子没法。就算有一二位一流弟子意外下山了，他们也比你的弟子本事大，反杀你的弟子基本不成问题，故截教一流弟子上封神榜的风险也是极小的。所以通天教主在同意原始天尊主持封神后，同时还做了两件事更好地保护和警示了一流众位弟子。一是让三教共签封神榜在我碧游宫举行，以此让众位一流弟子见证其真实性和残酷性。二是在宫门贴一对联，以经常提醒和警示众位一流弟子！
另外，对封神榜名单的拟定，我想可能只是拟定了中小神位的名单，对主神名单应是空着看天意的。不然通天有可能也不会签的。
感觉也和普通人一样，徒弟间的争斗也参予，呵呵呵，想想也正常，普通人写的又不是神仙写的书？