楼主这个问题也很好解决，孩子户口落在哪方收益大就落在哪方。
我表姐和我姐夫结完婚以后，户口一直没有往外迁，户口在娘家里面。
后来，生了两个孩子，一个男孩、一个女孩。户口也没有上到我姐夫他们家，户口上在姥姥家。
要是在一般的农村家庭，这件事一定会引起矛盾，吵架、打仗，都可能避免不了。
为什么表姐还有孩子的户口，不迁到我姐夫家？原因就有一个就是利益，哪边的利益大的问题。
这几年间村上的集体土地，陆陆续续被政府征收，作为城市建设用地。
现在我表姐在娘家这三口人的户口，每年村上都会分给差不多3万块钱，连续分到3年，差不多分到10万元。每年，我表姐回来分钱，心里美滋滋的，乐呵呵的来，乐呵呵的走。这部分钱相当于是白给的，如果户口不在村上也没有她们的份。
现在只是出让土地分钱，还没有面临拆迁，拆迁的话，收益会更大。可能要顶咱们普普通通的老百姓挣上几年的钱还要多。
现在是新型的社会，一个新的时代，咱们尽可能的不要抱着传统的思想去想事情，去做事情。夫妻双方要互相信任对方，不要有猜疑，存有二心。
所以，楼主你根据你自己的情况具体分析，和对象好好商量这件事的利弊，这件事很好解决。
其实，楼主提的问题，孩子的户口问题，并没有你想的这么严重。根据我们城市的户口政策，即使孩子的户口落在母亲那边，母亲和孩子的户口也能够迁回农村，因为属于婚迁的范畴，准备好所需的资料，去户口管理部门办理即可。
根据情况来决定吧。其实户口问题无非是希望孩子能够有更多更好的教育资源，怎么样对孩子好就怎么做，没必要纠结。
我姑姑当时也是这样做，当时是就近上学，姑父是农村户口。我们那个小镇上的中心小学教育资源一流，当时对户口有所限制。当时只能是城镇户口才能读书，所以姑姑结婚之后并没有将户口迁去姑父家，而是留在奶奶家，两个还是的户口都是跟着姑姑的。
现在就不一样了，在大表弟读小学的时候，就已经不分城镇户口和农村户口了。反而是农村户口比较吃香，连学费都便宜一点。
我在深圳读书的时候，爸爸一直没弄好深圳户口。我中考那年，录取还分深圳户口和非深圳户口。当时离想去的学校还差了十几分，但是如果有深圳户口作为深圳户籍考生的话，我就可以上那所学校了。等我中考完以后，爸爸迁深圳户口成功。当然这也不是说怪爸爸没弄好深圳户口，只是我自己没有争取到而已，如果多考一些分数就能如愿了。
户口的事情无非就是希望孩子能够有更多的教育资源。建议结合实际情况好好沟通。