问题提的就有偏见。
虽然航母统治了海洋，那个年代，大舰巨炮主意在日本还是主导思想，看日本的丸5计划，还有那个九段渐减计划就知道了，日本骨子里是希望再来一次对马海战一样的舰炮终极对决。
日本海军吊床号制度，自己百度。
中途岛鱼雷换炸弹那事，我们现在开着上帝视角自然怎么说怎么行了，在那个情报侦查不明的时候换成其他人，没准做的决定比南云更糊涂。在就是源田美津雄的著作决定命运的五分钟里面的东西也归罪与南云，现在很多亲历者的说法也打了源田的脸。山口多闻的与舰同沉，还干翻了美国一艘，看着不错，中途岛里损失的飞行员大部分都是山口决死反击搞的，还是1 2航战的老飞。
珍珠港嘛，发动第三波攻击炸油库一部分是尼米兹的说法，毕竟尼米兹不是后勤部长，已当时美国的国力，最多俩月就能恢复。在回到日本，炸油库当时的可行性不高，珍珠港当天风速很高，前两波的攻击升腾的黑烟，严重影响投弹精度，珍珠港的油罐也有很多防护措施，不会炸中一个，全部引燃。日本发动第三波攻击，可用的飞机也不够，头两尺受伤不少，可用的飞机也就140架。舰攻也只能进行没有准头的水平轰炸。舰爆嘛，偷袭的时候舰爆队的猪头领队高桥赫一就没按照源田的信号，执行了不该执行的强攻计划，还是这个猪头，在珊瑚海差点误降约克城号。美国航母那边，企业号在偷袭之前就放飞了18架sbd先行回港在获悉了老家被偷的消息后企业跟列克星敦也向西南方向放飞了侦察机，南云执意发动第三波攻击，让美国航母抓个正着，结果就很美妙了。
日本穷，就那么点家底，南云在出发前永野修身也嘱咐南云把船安全带回来，所以取得不错的战果，就执行了把船带回家的命令。山本的主导方针，也是一击媾和，不是跟美帝玩命。
首先，已经被证明是废物这个前提对山本而言不成立，事后诸葛亮谁都会做，但当时空袭珍珠港时，南云的选择并不算错。第三波攻击已经太晚，如果放出，偷袭舰队可能面对反回的企业号和养精蓄锐弹药充足的飞行部队。南云不知道有多少航母会来堵自己，但他不敢赌。
其次，港口的油料储存绝不是你一颗炸弹就可以全部点燃的。珍珠港的储油区有进行过防火防泄露设计，进行轰炸确实可以毁掉一部分油料，但达不到瘫痪的目的。所以在攻击波次有限的前提下南云选择了炸威胁最大的战列舰。也不算错误。不炸船坞也是这个原因。当然，也有本子对美帝工业能力估计不足的缘故
最后，南云在之后的战役中表现的也是可圈可点，山本在不能看穿历史的情况下自然会选择南云之后这样重要的海战了。