清朝是北方游牧民族入主中原，以嫡长子为继承人是汉族秉承的宗法制，两者开始是不相干的。康熙皇帝曾经在三藩之乱的特殊时期立自己的嫡子为继承人，但这并不是清朝初期的传统，是康熙效法汉族制度以图安定人心。
康熙的父亲顺治皇帝是清朝第一代入主中原的皇帝，他自己也非嫡非长。顺治皇帝的儿子里康熙排行第三，生母佟佳氏为庶妃，地位并不高。顺治皇帝长子早夭，但康熙还有个哥哥叫福全是在世的，确实无论排行还是出身，康熙都不占优势。
康熙之所以能被选中当继承人有以下几点原因：据说康熙的生母孝惠章皇后有孕在身的时候，每次去给孝庄太后请安时，太后都看到她“衣裾有光若龙绕”，太后就说她怀顺治皇帝的时候也是这样的，这个孩子将来一定有大福气。而事实上这个故事里讲的所谓祥瑞是不可靠的，但显然孝庄太后的喜爱才是年幼的康熙的大福气。
顺治皇帝在几个儿子年幼的时候曾经问他们志向。当时康熙的哥哥福全说“愿为贤王”，而康熙则说，“愿效法父皇”。康熙是八岁继位的，如果真有顺治皇帝问过这样的问题，当时的康熙肯定还不到八岁，也可知年幼聪慧，从小就有大志向，所以顺治皇帝很看重这个儿子。
最为重要的一点是让顺治皇帝视为第一子，视为嫡子的董鄂妃生的儿子，即皇四子死了。如果皇四子能长大成人，估计可能真的轮不到康熙。
还有比较重要的一点，就是“天花”。“天花”在当时是非常危险的病症。恰巧康熙年纪很小的时候就出过天花了，躲过灾难留下了性命。出过天花了在这方面是有保证的，性命无忧，没出过天花的皇子可能就不好说了。很的人就是因为年纪大才出天花而丧命。于是这件事也成了康熙走向皇位的适当推动力。
顺治于1661年就去世了（也有一说是出家），此时年仅22岁。而这个时候顺治共有八子，其中有长子和四子此时已经早夭。存世的有六个儿子。
次子福全；三子炫烨；五子常宁；六子奇绶；七子隆禧；八子永干。
顺治本来想的是把皇帝位传给堂弟岳东，但是经过汤若望的劝说和众人的反对。于是顺治就从自己的皇子中开始挑选。
清朝皇子继位没有嫡长子制度，所以便从剩下的六个儿子中挑选。选择康熙的原因也很简单。就是因为康熙没有得过天花。
当时京城天花疫情严重，凡是传染上天花病毒的人，基本都是九死一生。比如多尔衮的弟弟多铎，顺治的董鄂妃，还有顺治，都是因为天花去世。而康熙幼年时已经得过天花，而且奇迹般的生存了下来。天花虽然死亡率很高，但如果被传染者能够痊愈，那将终身都免疫这种病毒。大难不死的康熙让孝庄异常宠爱。
虽然从内心上讲，顺治更喜欢福全，但是因为孝庄喜爱康熙，还有当时京城疫情依然严重，加上汤若望对于疫情的分析。最终顺治选择了康熙作为继承人。