康熙皇帝不喜欢姚启圣是因为姚启圣看不起他。
在电视剧《康熙王朝》中，康熙帝在平定三藩后，下一步就要整治蒙古各部，最主要的就是葛尔丹。
我们都知道，从最早的匈奴开始，北方游牧民族一直都是大一统王朝在外部的最大威胁，汉唐宋明，都屡次兴兵讨伐，作为一个想做千古圣君的皇帝，康熙毫无例外也要将蒙古各部驯服，这将是一场持久战，所以，必须要保证后方稳定，特别是江浙地区的稳定，因为这里是清朝的赋税要地，征服葛尔丹，军饷都从这出。
然而，孤悬海外的台湾岛和占领台湾岛的郑氏家族却威胁着江浙地区的稳定，也就是康熙征服葛尔丹的大后方。所以，康熙北上盛京去找被贬的周培公，想重新启用周培公收复台湾，以稳定康熙征服蒙古葛尔丹的后方。偏偏周培公此时已经病入膏肓，周培公临死之前，向康熙推荐了姚启圣。
姚启圣饱读诗书，又特别有手腕，在政事上处理问题井井有条，特别优异，然而，让姚启圣养马，做个弼马温实在太屈才了，姚启圣是有战略眼光的，所有周培公推荐了姚启圣。
不过姚启圣性格孤傲，而且瞧不起满人，就连康熙这个皇帝他都瞧不起。
你比如，康熙派他的贴身太监李德全去请姚启圣，就碰了一个大钉子，被姚启圣狠狠鞭打了一顿。姚启圣连康熙都瞧不起，会瞧得起你李德全这个康熙的奴才？
那么，姚启圣为什么瞧不起康熙呢？
电视剧里也演到了，康熙跟姚启圣曾经有一次深夜畅谈，谈的最多的就是华夷之别。
当年春秋战国之时，天下王统的中心在山东，也就是现在中原和山东一带，因此位于长江边上的楚国被目为蛮夷。这种华夏正统论和华夷之别由于儒家文化的加强，流传了两千多年，到了清朝也是一样，江南的楚国都被目为蛮夷，更别说你从关外辽东入关的满人了，在某些汉族士大夫眼里，可能满人之蛮夷程度更甚。
因此，康熙在跟姚启圣深夜畅谈之时，直接挑明了姚启圣的心思，他对姚启圣说，你不就觉得我们满人入主中原当了皇帝，你才不服气，你才把你的尖酸刻薄和狷介孤傲都表现出来的嘛？
康熙本来以为通过这次与姚启圣的促膝长谈，姚启圣能放下架子，谁知道，姚启圣一点都没听进去，比如回京过程中，康熙担心姚启圣年老，禁不住寒风凛冽，把姚启圣叫到了他龙辇里，人家姚启圣一点架子都没放下，面对一个帝王，该吃吃，该看看，旁若如人，把他那股穷酸劲表现的淋漓尽致。
后来姚启圣放了福建总督，负责收台事务，更是表现出了对王权的蔑视，以至于跟随母亲回南方省亲的蓝琪儿回到京城，还说姚启圣一股子酸臭味。
所以，康熙帝从始至终没喜欢过姚启圣这个老头，谁会喜欢一个总是蔑视自己的人呢？
但是为了收台，康熙帝又不得不重用姚启圣。在这个过程中，康熙一直在跟姚启圣较劲，比如在收台方略上，不全听姚启圣的，一会儿派明珠去，一会儿又派索额图去，让这两个满臣凌驾于姚启圣之上，姚启圣呢，也是傲，你不用我，我回家给老母丁忧。明珠和索额图都搞不定，康熙只好又把姚启圣请回来了。
即便成功收台以后，康熙帝也一直在跟姚启圣较劲，比如把姚启圣封为西湖侯，让姚启圣居住康熙在杭州的行宫，给姚启圣一宫的皇家珍藏典籍，投其所好，目的是向姚启圣展示他这个蛮夷皇帝，也可以做到唐宗宋祖那样胸怀似海。
然而，姚启圣施展宏图大志的愿望已经完成了，不在乎这个了。
康熙不喜欢姚启圣吗？是不能露出喜欢来，姚启圣虽然学问好，有大才，属于可用但不可亲的主。比较难养的那一类。他不像明珠索额图等人身上毛病和才能都明显，姚启圣心性孤高，是汉人士子惯有的，如果康熙显出来喜欢这主，对任何方面都没好处。康熙大用姚启圣之才，又不在私人关系走的近，这是君臣之间最好的状态。作为上位者，要御使天下万民，不同的人有不同的驾驭方式。
从姚启圣的结局看，堪称完美了。这就是康熙对姚启圣最大的关爱啦。要不就这老货的一张臭嘴，能善终都难。