哇，提这个问题的人，脑洞真的很大！向你学习。
直接切入正题。他俩都是被老爹害死的。这是共同点。下面细说。
1、太子申生，这是个可怜人！
他母亲死的早，在春秋时代，并没有非常严格的“立嫡以长不以贤,立子以贵不以长”的宗法制度，长子继承只是参考，不是必须！
2、晋献公的继承人基本情况
晋献公，有很多儿子，只要有影响力的是长子，申生（太子）、次子重耳（晋文公）、再次子夷吾（晋怀公）、再次二子奚齐、卓子（太小、未成年死于继位之乱）。他们分别是4个妈生的。
前三位，老妈已经仙去，最小的两个二子，他们的母亲就是那位心狠手辣的骊姬。也算一代女中豪杰了。
3、为啥晋献公要除掉他的三个儿子？原因有两点：
a、晋献公出身旁系，自己深信想要强大，就要像大树一样不停的修剪枝干（杀掉不需要的、碍事的旁支），他本人也是这么做的。晋国也因此强大了，因此他在有生之年，需要帮他认为的继承人，做好这项工作。
b、春秋时代，能否继承大统，还得拼妈。这是没办法的。一个妈，就代表一国势力，有母家的帮助，位置会更稳，这些例子就太多了（春秋战国时期，两国联姻为的不就是这）。
所以，太子申生，死于自己母亲死的早，母家没有势力，以及自己的愚忠。
曰：“我带着弑父的罪名跑出来，现在他派人杀我，我不逃，必死！逃了，把罪过都推归于我老爸身上，又坏了他一世英名，必见笑于诸侯。即使我将来靠着别人得到了晋国，别人又会以此把柄反过来要挟讨伐我，这样，我和我的父母都没有得到好死！”
让人唏嘘！
再来说说扶苏。
扶苏，是一个温和的人，用古人的话来讲就是“不肖”。不像自己的父亲，嬴政。扶苏还有个身份，那就是楚国人的后裔（他母亲是楚国的公主、舅舅是昌平君）。
这个出身，其实是个悲剧。秦始皇统一天下过程中，陆陆续续清除了秦国国内的外戚势力。史学家猜测，他母亲极有可能死于这场政治清算，他舅舅昌平君外逃，后来还做了楚王。
当赐令自杀的国书送到扶苏手里时，他心里在想啥？
估计他在想他的母亲吧。在想自己的最后时刻，终于来临了（这也是他绝不反抗的原因吧）。
他愿意去死，去地下见自己的母亲吧。
扶苏之死，死于秦统一天下的暴虐，死于他对亲情的一种眷恋。他不是一个快乐的人。终一死了之。
结语：
都是间接死于权力、直接死于老爹之手，他们本身都是能人。都情愿为了自己心里那么眷恋而死，却又死的那么不值得。可惜！
两位历史上悲惨的贤明太子结局惊人相似,都是含冤而死怀恨自杀,但又有不同申生春秋五霸之一晋献公之长子是被后母骊姬勾结奸臣诬陷其下毒殺父而被迫含冤自尽,扶苏是千古一帝秦始皇长子在秦始皇死后被自己亲弟弟胡亥奸宦赵高岳父丞相李斯三人合谋伪诏赐死含恨自杀。