“萨摩的海军，长州的陆军”，是幕末到维新初期日本军事实力的基本情况。萨摩藩，即后来的鹿儿岛县早年与英国接触甚密，打过萨英战争，惨败之后虚心学习英国的军事技术，成为当时日本海军最为发达的地方势力。在决定明治维新成败的戊辰战争中，萨摩军出兵最众，夺得了维新的首功，萨摩藩出身的西乡隆盛、大久保利通成了参议，占据明治维新三杰中的两席。藩主岛津久光作为萨摩的藩主，尽管他经常骂西乡，但因为考虑大局和西乡的能力所以对其倒幕行为是一直支持的，算是明君，也成为明治维新的一大功臣，受封从一位大勋位公爵。
本来藩主作为地方诸侯是拥有财政权、政权和兵权的，但从明治二年（1869）木户孝允和大久保利通主导的萨长土肥四藩“版籍奉还”开始，一切都发生了变化。“版”指土地，“籍”指人民，这意味着藩主将土地和人民交给了明治政府。藩主成为了“知藩事”，身份被列为华族，特权地位得到了保障。但随后政府阶段性的一步步剥夺了藩主们的实权，比如将知藩事的俸禄规定为藩收入的十分之一，让藩主的家计和藩的财政分离。
“版籍奉还”又过了两年后，明治四年（1871），明治政府先是令萨、长、土三藩献出精兵，到中央组成了天皇的御亲兵，然后以其为后盾断行“废藩置县”，重新划分了行政单位。废藩置县后，日本有3府（东京、京都、大阪）和302县（1888年后变成了3府43县）。府的最高行政长官“知事”和县的最高行政长官“县令”由明治政府直接派遣，这样原来的藩主被排除在政治权力之外。
至此，可以简单回答一下上述问题了。首先，明治维新后新政府采用实力本位主义，藩主并非军事人才，所以无法成为军事将领。其次，明治政府通过版籍奉还和废藩置县，一步步将原来的藩主排除在权力之外，不可能让其掌握兵权。
长洲和萨摩是世仇，这个也导致了后来的日本海军陆军之间的矛盾不可调和，互相下套使绊子。如果海军陆军能够精诚合作的话，二战就没美国什么事了