皇帝不死，甄嬛的孩子弘曕与灵犀就会死，皇帝已经怀疑弘曕的出身，并已经着手让夏刈采血验亲了！
杏花微雨时节，一直称病未侍寝的莞常在(甄嬛)，在御花园邂逅了一个自称是果郡王的中年男子(其实就是皇帝)，俩人谈论甄嬛的箫曲“杏花疏影”，俩人成了“曲有误，周郎顾”的知音。皇帝对美丽清纯的甄嬛喜爱无比。
俩人又等待了一场雨后重逢，第三次再见面时，是轻浮无知的余莺儿在羞辱甄嬛，皇帝把余莺儿打入冷宫，晋甄嬛为莞贵人。甄嬛也是此时才知这个男人就是自己的夫君。
皇帝不用装假了，宠溺的把甄嬛一路抱回碎玉轩。几天后带甄嬛去汤泉宫沐浴，少女甄嬛成了皇帝的宠妃了。甄嬛也以为此生找到了真爱，“愿得一心人，白首不相离″。
甄嬛有孕了，可是宫中暗流涌动，在华妃，皇后，安陵容的几方算计细，甄嬛流产了。皇帝为了稳定前朝后宫的关系，并未严惩华妃。甄嬛对皇帝寒心了，疏远他，冷淡他。皇帝不来了，甄嬛失宠了，宫中人人都想践踏一脚，终于齐妃的耳光打醒了甄嬛。
甄嬛必须要圣宠才能生存，只有打叠起精神设计吸引皇帝，甄嬛复宠了！甄嬛第二次有孕了，皇帝准备晋她为妃。皇后却设计让甄嬛的册封礼服换成纯元皇后的，皇帝非常生气，封妃之事搁浅。而前朝又算计甄父，甄远道被流放宁古塔。
即将临盆的甄嬛去求皇帝，却发现皇帝写给纯元皇后的寄语，知道皇帝是把她当作纯元的替身，伤心倒地″这几年的情终归是错付了！″受到刺激的甄嬛早产了，生下了胧月公主。皇帝很高兴，答应甄嬛依旧封妃，做宠妃。
可是甄嬛已经对皇帝失望透顶，“哀莫大于心死”。甄嬛执意出宫修行，来到皇家寺院甘露寺带发修行。
甘露寺的姑子静白受了皇后的指使，百般苛责凌辱甄嬛，让她打柴，浣衣，做苦活累活。这还不算，说甄嬛得了肺痨，在一风雪交加的日子被赶往凌云峰。
半途中，病重的甄嬛昏迷倒地，浣碧只有去最近的清凉台向果郡王求救。果郡王抱起甄嬛到了清凉台，甄嬛高烧不退，果郡王卧在雪地把自己冻冰再抱住甄嬛降温，甄嬛的命终于保住了！
“精诚所至，金石为开”，甄嬛后来终于接受了果郡王的爱，俩人也以为从此可以恩爱百头，可是果郡王办差时，在河中沉船，生不见人死不见尸。一个月过去了，都以为果郡王葬身河底，而甄嬛发现自己怀孕了！
甄嬛要给孩子找到合法的父亲，最重要的是她要查明是谁要害果郡王！在苏培盛的帮助下，皇帝来到了凌云峰(其实皇帝心里一直都没放下甄嬛)，甄嬛“怀孕”了！甄嬛可以名正言顺的回宫了！
久别重逢的皇帝更宠甄嬛了，册封熹妃。产下双胞胎后，晋封熹贵妃。可是宫中的斗争从未停止，皇后对甄嬛的绊子也从未中断。多疑的皇帝让甄嬛用毒酒害死了果郡王，从此皇帝成了甄嬛的仇人！
而皇帝的新欢也一直源源不断，皇帝在旧爱新欢里被迷情香掏空了身体。大夏天里走在御花园中也觉得寒浸浸的，这时碰到了在御花园玩耍的弘曕和元澈(果郡王娴福晋的儿子)，乳母说这俩孩子长的像，皇帝一看，果然如此，勾起往日的心病。回去就让夏刈去调查此事。
夏刈在采弘曕血时，被叶澜依发现了(叶澜依是果郡王忠实的暗恋人)，告诉了甄嬛，甄嬛必须出手了，为了孩子！
甄嬛从青涩少女满华哥深情爱皇上到后来杀了他，这真是应了那句非常无奈的话:
至深至浅清溪
至亲至疏夫妻
挚爱变成怨偶是有过程的，一步步造成的。
1.甄嬛被华妃罚跪流产，皇帝为了制衡朝局而轻罚华妃。这是导火线，让甄嬛质疑这个号称和她同心同德的皇帝，所谓的真情是否唯一，爱一个人应该是夫妻同仇敌忾的。
2.甄嬛第一次复宠后，皇帝受曹琴默挑拨，似信非信询问甄嬛何时对他动情（怀疑她喜欢的是果郡王的名）爱已经参杂了疑心。
3.封妃因为穿了纯元皇后故衣被禁足幽闭，如果不是因为刚好怀孕，甄嬛收到的惩罚肯定更加严厉。此时甄嬛已明白皇帝的爱不过是“菀菀类卿”自己只是个替代品。此刻对皇帝已心死
4.清凉台与果郡王相知相爱，在她心目中，果郡王此刻才是她的夫君。后为救父再次复宠回宫。这时的甄嬛与皇帝已无半分情义，皇帝只是她争宠的一个云梯而已。
5.皇帝再次因为葛尔丹疑心甄嬛，动了杀心，借甄嬛的手杀了果郡王，甄嬛与皇帝有了“杀夫之仇”。
6.眉庄的死亡与皇帝也间接有关系，她与皇帝还有“杀姐之仇”。
综上，皇帝已对甄嬛无情无义，甄嬛不杀皇帝，还愣着干嘛？等着被杀？