明朝确实是两京制度，因为明朝的时候朱棣拿了江山以后，虽然从朱允炆的手上把这皇帝的位置给夺回来，但事实上南京还是朱元璋称帝的地方，也相当于是整个大明王朝的龙脉之地，所以对于朱棣来讲，他不至于放着大不为的风险，把南京的京直接给废掉，所以他在迁都北京之后依然保留了南京作为整个大明王朝首府这样一个地位。
这也是历史上面第一次出现南京和北京并立的这样一个情况，日前要么南京叫做南京的时候，北京市有其他的名字，要么北京叫做北京的时候，南京有其他的名字。
但事实上大家也都清楚，虽然朱棣保留了南京是大明王朝首府这样的地位，不是我们要明白的，就是作为整个大明王朝真正的首脑。皇帝就在北京城，讲一句实话，皇帝住在哪里？哪个地方就是首都，（今日头条漩涡鸣人yy首发于悟空问答）为什么这么讲？皇帝是整个大明王朝的中心，所有人都围绕着一个皇帝转，而整个明朝的中央机构也必须得待在皇帝的身边，所以皇帝无论住在哪里，哪个地方就是明朝的首辅。
至于说在南京设立另外一套中央系统，那猪弟除非嫌自己脑袋不够大，否则两个朝廷两套行政班底他皇帝就只有一个，难不成天天在南京和北京之间飞奔啊？那这对于明成祖朱棣来讲这钱都还不如不签呢！
其实关于这个问题我的看法就是你就不要知道明成祖朱棣承认明朝两京制度，知道了也没什么实际意义，这种历史知识如果知道多了，反倒有一些混淆正经的知识，看法多了，那问题也就多了，那问题多什么乱七八糟的思想也就有了。
大明王朝的时候，你看皇帝就算多少年不上朝，是只要一出深宫大院往朝堂上面一坐，哪个大臣敢造次？哪个宦官敢摆眼色？皇帝就是整个大明王朝的真正实权拥有着，而且是唯一的那种，朱元璋做到了公正的中央集权，杜玲在中央唯一一个可以制衡皇帝权力，宰相都被朱元璋给搞定了，那谁还敢另立中央啊？这简直就是找死啊！
明成祖朱棣除了在南京城的这个南京城的皇宫设置了一批管理机构以外，其他的所有机构全部签到了北京城，而南京设立的并不是一个中央政府，是一个管理这个地区地方政府，二者之间虽然名义上面评级，但事实上南京还是必须要听北京的命令。
馆主来了，我是無月，我来回答这个问题。
明朝的两京制度，是从明成祖朱棣登基之后开始的。
明朝的首都最早是在金陵，也就是今天的南京，是朱元璋一朝的首都所在。
朱棣干掉朱允炆，登基称帝后，一开始仍然定都南京。
但朱棣毕竟是燕王出身，他的班底根基都在燕京，不在金陵。
虽然朱棣的帝位也是杀出来的，但镇压不住人心。
加上对于明朝而言，蒙古一直是帝国最大的威胁，远在南京很难第一时间对蒙古的动向做出反应，蒙古以骑兵作战为主，机动性强，等战报送至南京，蒙古骑兵早跑回草原去了。
另外，据风水大师的堪舆，金陵的帝王气数已衰，不如燕京的气运强盛。
在众多因素考虑下，朱棣下旨迁都燕京，也就是今天的北京。
但是南京的朝廷也被保留了下来，作为陪都。
其实在帝国内部，同时保留几个首都，并不少见。
比如北宋，就有东西南北四京，分别是汴梁、洛阳、临安、大名府。
后来的金国更是有东南西北中五京。
只是明朝奇特的地方在于，在陪都也保留了一套执政班子。
这套班子的建制与北京如出一辙，只是没有实权，相当于备用班底。
一般情况下，都是一些在朝堂上混不下去的臣子，或者临近退休的老臣，就放到南京去，保留官阶品秩，却没有实权。
所以，也不存在两个朝廷权力混乱的情况，因为南朝就是一个养老院而已。
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