朱元璋建立明朝,制定了一套嫡长子继承皇位、余子封王爵的制度。洪武三十年(1397年),他生了大病,认为自己可能不久于人世,就命足智多谋的李淑妃自尽,以防止像唐朝一样出现“武后之祸”。
洪武二十五年(1392年),朱标因病去世,再选一个继承人成了朱元璋十分紧迫的事情。朱允炆虽然聪明孝顺,但仁柔寡断,朱元璋觉得不是最合适。燕王朱棣睿智过人,性格果断,朱元璋十分喜爱,一度时间想把皇位交给他。舍孙立子,这又不符合自己制定的礼仪。于是他征询群臣意见,是否可能立朱棣为继承人,遭到学士刘三吾当场反对。这样朱允炆就成了皇位的继承人。
朱允炆上台后,这些王叔叔们也不把他放在眼里,特别是势力最大朱棣,入朝时竟是立而不跪,令朱允炆十分的恼火,于是就着手消藩。他先是将周王贬为平民,后来又接连把代王、岷王、湘王、齐王等治罪。并派人到北京控制燕地兵权,监督燕王的行动。最终燕王以“清君侧”的名义,打着靖难的旗帜起兵造反。《太宗实录》写道:朱棣兵攻南京城下,文武百官诸王无计可施前来见皇帝,建文帝想出去迎接朱棣,想不到左右的人已全部散尽,仅有内侍太监数人而已。建文帝叹曰:“我何面目见耶!”就关门自焚而死。但建文帝是否真是死于自焚,很多人表示怀疑。因为事后朱棣命太监在火烧后的余烬中反复搜查,没有发现建文帝的遗骸。《明史》中说朱棣怀疑建文帝逃走,就派人到天下各地寻找,还派郑和下西洋。嘉靖年间郑晓的《建文逊国记》,明确写道建文帝逃出金陵城。《明史.程济传》说:“金川门启,济亡去。或曰帝也为僧出亡,济从之,莫之所终。”南京城攻破而程济失踪了,所以人们怀疑他与建文帝一起做和尚了。这些说建文帝出逃为僧,大多是笔记小说和民间传说,缺乏有力的证据,看来当年朱棣攻入南京城,建文帝到底做了什么,现在还是个无解的谜。
关于朱允炆的踪迹,在明朝一直是一个谜。朱元璋曾为了明朝皇位的传承,大费周章。他知道太子朱标,为人和善,心不够狠,所以,在临死前就想把朝中官员驯得服服帖帖。所以,朱元璋时期,大臣们几乎都不敢大声说话。没想到,朱标英年早逝,朱元璋顺势把皇位传给了朱标的长子建文帝朱允炆。
朱允炆比朱标还要温柔,他上位后,与文臣们关系处得十分融洽。但是,他急于削藩,与他四叔关系闹得很不好。而且削藩的时候,又优柔寡断,导致朱棣有机可乘,最后夺了侄子的皇位。
《明史·成祖本纪》和《明史·方孝儒传》中记载,朱棣攻城之后,建文帝见大势已去,遂下令焚宫,自己携皇后跳去火中自焚。一时间,遍地伏尸,朱棣清理了三天,最后找出朱允炆的尸体,已经分不清男女了。
不过,后来,在《明史·姚广孝传》和《胡濙传》里都曾记载,朱棣怀疑大火烧死的并不是建文帝,建文帝削发为僧逃跑了,所以派郑和下西洋去找他。但是,建文帝其实并没有南下,他被僧司溥洽所救,此后便一直藏在江苏吴县普洛寺内,从此再也没有复国之意。此事是朱棣在死前一天才知道的,建文帝死于永乐21年,享年46岁。但这种说法的可信程度到底有多高,一直都没有人能说的清楚,所以只好称建文帝下落不明。