朱元璋建立明朝，制定了一套嫡长子继承皇位、余子封王爵的制度。洪武三十年（1397年），他生了大病，认为自己可能不久于人世，就命足智多谋的李淑妃自尽，以防止像唐朝一样出现“武后之祸”。
洪武二十五年（1392年），朱标因病去世，再选一个继承人成了朱元璋十分紧迫的事情。朱允炆虽然聪明孝顺，但仁柔寡断，朱元璋觉得不是最合适。燕王朱棣睿智过人，性格果断，朱元璋十分喜爱，一度时间想把皇位交给他。舍孙立子，这又不符合自己制定的礼仪。于是他征询群臣意见，是否可能立朱棣为继承人，遭到学士刘三吾当场反对。这样朱允炆就成了皇位的继承人。
朱允炆上台后，这些王叔叔们也不把他放在眼里，特别是势力最大朱棣，入朝时竟是立而不跪，令朱允炆十分的恼火，于是就着手消藩。他先是将周王贬为平民，后来又接连把代王、岷王、湘王、齐王等治罪。并派人到北京控制燕地兵权，监督燕王的行动。最终燕王以“清君侧”的名义，打着靖难的旗帜起兵造反。《太宗实录》写道:朱棣兵攻南京城下，文武百官诸王无计可施前来见皇帝，建文帝想出去迎接朱棣，想不到左右的人已全部散尽，仅有内侍太监数人而已。建文帝叹曰:“我何面目见耶！”就关门自焚而死。但建文帝是否真是死于自焚，很多人表示怀疑。因为事后朱棣命太监在火烧后的余烬中反复搜查，没有发现建文帝的遗骸。《明史》中说朱棣怀疑建文帝逃走，就派人到天下各地寻找，还派郑和下西洋。嘉靖年间郑晓的《建文逊国记》，明确写道建文帝逃出金陵城。《明史.程济传》说:“金川门启，济亡去。或曰帝也为僧出亡，济从之，莫之所终。”南京城攻破而程济失踪了，所以人们怀疑他与建文帝一起做和尚了。这些说建文帝出逃为僧，大多是笔记小说和民间传说，缺乏有力的证据，看来当年朱棣攻入南京城，建文帝到底做了什么，现在还是个无解的谜。
关于朱允炆的踪迹，在明朝一直是一个谜。朱元璋曾为了明朝皇位的传承，大费周章。他知道太子朱标，为人和善，心不够狠，所以，在临死前就想把朝中官员驯得服服帖帖。所以，朱元璋时期，大臣们几乎都不敢大声说话。没想到，朱标英年早逝，朱元璋顺势把皇位传给了朱标的长子建文帝朱允炆。
朱允炆比朱标还要温柔，他上位后，与文臣们关系处得十分融洽。但是，他急于削藩，与他四叔关系闹得很不好。而且削藩的时候，又优柔寡断，导致朱棣有机可乘，最后夺了侄子的皇位。
《明史·成祖本纪》和《明史·方孝儒传》中记载，朱棣攻城之后，建文帝见大势已去，遂下令焚宫，自己携皇后跳去火中自焚。一时间，遍地伏尸，朱棣清理了三天，最后找出朱允炆的尸体，已经分不清男女了。
不过，后来，在《明史·姚广孝传》和《胡濙传》里都曾记载，朱棣怀疑大火烧死的并不是建文帝，建文帝削发为僧逃跑了，所以派郑和下西洋去找他。但是，建文帝其实并没有南下，他被僧司溥洽所救，此后便一直藏在江苏吴县普洛寺内，从此再也没有复国之意。此事是朱棣在死前一天才知道的，建文帝死于永乐21年，享年46岁。但这种说法的可信程度到底有多高，一直都没有人能说的清楚，所以只好称建文帝下落不明。