声纳工作原理很复杂，很难全面写出。但确认的最早是一战后英国人发明的，安装在4艘驱逐舰上使用，并成立了相关管理机构。而后美国人在此基础上加以改进。
第二次世界大战期间，美日英德等几个拥有一定海军实力的国家，都在潜艇攻击战和反潜战上下了很大力气，而潜艇为了便于隐蔽，基本安装的是被动式低频率波段的声波声纳，只用于接受对方声波而不暴露自己。作为反潜的主要杀手驱逐舰则安装的是主动式低频率波段的声波声纳，可在一定的海域范围之内捕捉潜艇目标，看过潜艇战影片的一定熟悉感觉到这种声波。
2009年6月11日，有中国潜艇同美国“麦凯恩”号驱逐舰在菲律宾苏比克附近意外相撞，当时中国一艘潜艇在南海进行正常的训练活动。“麦凯恩”号拖曳声纳受损后抵达日本佐世保港进行检修。
近百年来，声呐是各国海军不可或缺的主要技术。声呐技术作为导航和探测水下舰艇活动的技术被广泛应用于舰艇装备中。
声纳分为低频率和中频率，也分为主动声呐和被动声纳。工作时向周围海域发射低或中频率波段的声波，以探测敌方潜艇，用于反潜作战。美军舰艇和潜水艇中大都配备了中频声呐系统。
有报告显示，军事声呐等不断加剧的海洋噪声正影响着海豚、鲸的生活，因为这些动物必须依赖声音进行交配、觅食以及躲避天敌。报告称，海洋噪声轻则影响海洋生物的长期行为，重则导致它们听力丧失甚至死亡。
由中频声呐试验导致的鲸大量搁浅及死亡事件不断发生：1996年5月， 美军在北约的一次演习中，有14头剑吻鲸在希腊海岸搁浅；2000年3月，美军在百慕大海域再度进声呐实验，由于军舰配备的声呐影响，3个种类共16头鲸搁浅在长达150米的海岸线上，其中6头死亡，多个物种成群搁浅是非常罕见的，科学家发现冲滩搁浅的突吻鲸眼睛、颅部出血，肺爆裂，自此美军接受了声呐对海洋哺乳动物行为有影响的观点；2002年7月，66头领航鲸在美国马萨诸塞州的鳕雪角集体自杀，原因同样与声呐实验有关；2004年7月，在环太平洋军事演习中，美军声呐测试开始后不久，夏威夷沿岸的浅水中就有200头鲸鱼搁浅，其中1头鲸鱼仔死亡；2005年初，由于美军声呐试验，37头鲸搁浅在北卡罗莱纳州的外滩；2009年3月，美国“无瑕号”在南海被中国渔政人员和渔民拦截并驱赶前，打开声呐“工作”后不久就在“无瑕号”声呐范围内的香港海岸边，出现一条长逾10米的成年座头鲸迷航搁浅。
船舶舰艇行驶中振动声、与水流的摩擦声、产生的气泡声，甚至鱼群的游动声，都能被声纳捕捉到，特别是在美军舰艇和潜艇中配备的中频声呐系统格外敏感。
多年前，美国在澳大利亚北部建立并使用的亚太地区监控系统群，其中就有中频声呐系统，在南半球的澳大利亚能清晰地识别北半球俄罗斯海参崴军港出海的潜艇和军舰，并可以根据其特点确认型号和船名。当然，俄罗斯较早期的旧式潜艇噪音比较大，不像现在的改进型潜艇，跟在美国潜艇后面几百米，美国潜艇还浑然不知。美国人甚至戏称说俄罗斯的老式潜艇出航就像欧洲中世纪军队行军的鼓手。
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