谢谢邀请，其实这个问题真的造成了很多观众的困惑，细心看过电影的朋友都知道教授确实是被黑化的琴给秒了，当时在场的万磁王都惊呆了一脸懵逼的样子，因为我们都知道查尔斯教授和万磁王是好基友，而且老万是真的没想到琴的力量会强大到那样的程度，所以在影片的正片中我们都坚信查尔斯确实已经被杀死了。
但是说回到认真看电影这个话题就有趣了，电影中有这样一个情节，查尔斯教授讲过一个关于伦理道德的问题，可不可以把一个患了癌症的四个孩子的父亲的意识移植到一个天生没有高级脑功能的但是身体器官和神经功能都正常的人的身体上，如何界定这种行为，这是否符合伦理道德。其实这个问题就是电影里面为后面的彩蛋挖的坑，对漫威漫改电影的特色彩蛋，影片结尾处一个卧床的病人突然开口说话了，而护士惊喜的叫到查尔斯，其实床上这个人大有来头，他和查尔斯是孪生兄弟，在母体时就因为查尔斯的脑电波过于强大被弄成了植物人，而在查尔斯被琴秒杀之时，教授用自己强大的能力将意识转移到了孪生兄弟的身体中，所以说呢查尔斯的肉体确实被琴杀死了，但是精神意识体却逃离了。附身在弟弟身上的查尔斯真正意义上并没有死。
至于在狼三中被杀上面说了查尔斯本质上没死啊，所以才可以被又一次杀死。
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并非真正意义上的死亡，在影片最后他的好朋友莫拉博士在面对呼唤自己的病人时非常惊讶的叫出:查尔斯。这算是个彩蛋吧
当时查尔斯为了唤醒已经失去自我意识的琴格雷而被黑凤凰强大的力量击中，查尔斯并未完全死掉，他用超能力将自己的意识转入了一个天生没有意识的人的大脑内，实现了某种意义上的重生。
不请自来。
这里涉及到《X战警》系列电影的时间线，这里直接放原因，维赛迪尽量解释得通俗易懂一点。
《X战警》系列电影存在新旧两条时间线，红衣死侍属于新时间线，改造人死侍属于旧时间线。
《X战警》系列电影的观看顺序：
旧时间线
《X战警：第一战》-《X战警前传：金刚狼》-《X战警》-《X战警2》-《X战警3：背水一战》-《金刚狼2：武士之战》
旧时间线的结束---新时间线的开始
《X战警：逆转未来》
新时间线
《X战警：天启》-《死侍1-2》-《金刚狼3：殊死一战》
其中新时间线的《死侍》系列属于外传性质，与主线关系不大，因此观看顺序其实可以随意。
至于为什么会出现两条时间线？是因为旧时间线里面人类研发出一种机器叫做哨兵机器人，其是天生的变种人杀手，X战警全体都无法与之抗衡甚至几乎被灭绝，因此在《X战警：逆转未来》中幻影猫将金刚狼的意识传回去1973年改变历史，改变历史之后旧时间线就消失了，而新时间线开始。
而新时间线里面，包括镭射眼在内很多角色的起源与经历都改变，而死侍亦一样从原来的改造人死侍就变成了红衣死侍。
所以，两者在《X战警》的世界里其实是同一个角色，只是因为时间线的改变而导致造型、能力等也有变化而已。